Khoa Sau đại học có chức năng tham mưu và giúp Hiệu trưởng tổ chức, quản lý và phát triển công tác đào tạo sau đại học trình độ thạc sĩ, tiến sĩ và bồi dưỡng sau đại học tại Trưởng Đại học Cửu Long theo quy chế về đào tạo sau đại học của Bộ Giáo dục và Đào tạo và các quy định pháp luật hiện hành.